在西南明军覆灭之后，清政府理所当然地把目光转向了川鄂等地的心腹之患：夔东十三家。
蓄势待发的满洲八旗军。在康熙二年的年初，李国英带领重夔镇总兵程廷俊、抚剿署总兵梁加琦二镇清军从奉节县出发，正月初二向着袁宗第驻地大昌发动进攻，正月初三夜，袁宗第将大昌城内的住房全部烧毁，率领部众家属撤往茶园坪山寨，正月二十三日，李国英发兵袭击坪山寨，双方一直激战到二十四日的凌晨，明军战死以及坠崖摔死者高达余名，余人被俘之后处决，总共损失余人。清军的损失依旧轻微，总共只有17人阵亡，重伤54人，轻伤63人，还有两个把总重伤，总损失人。袁宗第率领残兵败将跳崖逃生，和郝摇旗（郝永忠）合营。
在崇山峻岭之中作战的明军。但是郝摇旗也并不走运，与此同时，河南清军汇合陕西清军大约两万之众自白土关进入湖广，2月25日向房县一带发动进攻，郝摇旗先败于赤土坡，所部被活捉人，又败于邓川峪，郝摇旗最终无法在房县境内立足，于是带着袁宗第前去投靠刘体纯。面对空前的危机。夔东明军团结一致，于当年的7月23日大破湖广清军，董学礼部三万人被杀得屁滚尿流，原先能够打出1比30这种交换比的大清王师，一下子拉跨到了“被死贼攻败进寨城，复被逆贼追至南阳河、兴山县二次，我兵带伤死者甚多”。
清军绿营。当然了，此时的明清战局已经是不可逆转了，尤其是在巫山战役之后，损失惨重的夔东明军只能接受自己的命运了。在这一年的十一月初七日，郝摇旗部总兵罗茂同派遣部下参将王柄、庞德功、徐时化三人和李国英联系，宣布投降，随同投降的有千总把总军官89人，士兵仅仅人，“小子”50人，家属人。
明军骑兵。郝摇旗的厄运还没有结束，在十二月初三日，郝部以及袁部总兵马进玉、总兵徐自望、章威将军王之炳、靖彝将军张大盛、建威将军武自强、挂昭勇将军印总兵邓秉志，镇远将军杨询、震威将军赵云，以上挂将军印总兵全部投降，除此之外还有大小军官人投降，投降文官有兵巡道按察使刘君锡、监纪推官谭必享、邓蜚、祝圣培、监纪知县曹嗣武等人，袁宗第部明军有挂昭勇将军印总兵邓秉志，副将高三魁投降。总共投降明朝文武官员名，官兵名，家属人。
明军。《南明史》描写这一段的时候，也算是给足了郝摇旗、袁宗第这两位大顺军老将的面子，文中是这样写的“郝摇旗、袁宗第无可奈何，带着为数不多的士卒前往巴东投靠刘体纯”，具体有多么“为数不多”呢？清方也是有明确记载的“虽郝、袁两渠据报踉跄奔向刘逆（指刘体纯）营巢，跟随逆党不满百人，釜鱼笼鸟将安往乎？”也就是说这老哥俩的部下基本上全部哗变了，俩人剩下的兵力合起来不到人，成了名副其实的光杆司令。
绿营兵。不过说实话，能苛责这投降的几千号人吗？我觉得是不能的。已经到康熙二年了皇帝朱由榔和晋王李定国都死了快一年了，而且注意，袁郝二部投降官兵的总数才3多人，咱们在上文说过，郝摇旗部最多可以出动多人，袁宗第在十几年前李自成刚死的时候就有官兵0人，在夔东战役开始之前，他的人数相比于十几年前只多不少，在大昌战役中，袁军就损失人，但仍有能力参加巫山战役。然而到了投降的时候，袁郝二部加起来的官兵数字只剩下了3人，经过了大昌、房县、南阳河、巫山这四次战役，其中仅巫山战役明军就战死人，被俘杀人，其中包括总兵以下大小军官48人。当然了，参加巫山战役的不仅只有郝袁二部明军，但是其遭到沉重打击是可以肯定的。
明军。所以说到这时候，郝袁二部明军已经到达极限了，部属哗变降清，也并非什么不可理解的事情。根据郝摇旗部降清总兵马进玉的报告，这些叛徒“再四力劝郝、袁二渠投诚不悟，约齐噪变，大伙奔投”，总兵罗茂同更是因为屡次提起投降而激怒郝摇旗，而不得不“率众斩关而出，乐附尧天舜日之下，遂其觐光慕化之思”，而在夔东战役之前，清方派出的两匹招降使者，都被郝摇旗赶了回去。在复明无望之下，郝、袁二人仍然坚持抵抗，绝不投降。当年郝摇旗接受明朝政府的官职时，同时也接受了“永忠”的赐名，现在看来，他的行为真的无愧于这两个字。
明军。郝摇旗和袁宗第部明军完了，接下来就是刘体纯。12月23日，满洲八旗军在绿营汉军的配合之下向刘体纯在陈家坡的营寨发动进攻，12月24日，清军“攀缘徒步而上、直夺老木崆隘口，逼临逆穴”明军军心大乱，刘体纯部瓦解，部下总兵锁彦龙、吴之奇、王加玉、李之翠、刘应昌、胡君贵、田守一、王之礼数人打开寨门跪地投降，刘体纯见大势已去，自缢而死，监军太监潘应龙以及刘体纯的六个妾以及两个女儿还有其他三名女眷也都自尽，刘体纯自尽之前，嘱咐亲信，自己死后请他将自己的尸体烧掉，清军发现刘体纯的尸体时，整具尸体已经烧完，这位曾经纵横天下的二只虎（刘体纯外号），此时只剩灰烬中的残骨。
他们都是李自成的旧部。纵横天下十余年的二只虎最后的结局。而袁宗第和郝摇旗又一次成功脱离战场，但是这一次他们并没有跑多远，12月26日，清军在黄草坪追上了袁、郝二人，二人率领撤出来的刘体纯旧部连扎四个营盘拼死抵抗，但是都被清军击破“二十六日子时分，追至黄草坪。贼众连扎四个营盘蜂拥齐来迎敌。我满汉官兵奋勇直前，合力冲战，逆贼抵敌不住，砍杀大半”。游击王雄活捉郝摇旗，千总郭存礼活擒袁宗第，牛录章京巴达世活擒部院洪育鳌，兵丁王守才、张成活捉郝摇旗子郝应锡，提标随征把总熊法活擒袁宗之子袁宗保，兵丁王三擒获洪育鳌子洪元其。依附于郝摇旗的明朝郡王安东王朱盛蒗也被俘虏。郝、袁、洪等重要俘虏被押回巫山县城，到第二年的十月份，也就是李来亨部明军败亡差不多两个月之后，郝、袁、洪、朱四人在巫山县被杀害，尸体被扔进了峡谷之中。
步兵。到黄草坪战役结束之后，整个夔东明军是战死的战死（如刘体纯）被俘的被俘（如袁、郝）投降的投降（如塔天宝、马腾云、王光兴）只剩下了困守茅麓山的李来亨部。